在环境卫生方面，规范征求意见稿提出，农贸市场应有负责环境卫生和传染病防疫的专职或兼职人员，进场货品在采购、运输、销售过程中应有完善的追溯信息记录。
农贸市场如何进行清洁和消毒？规范征求意见稿提出，各摊位应在每日经营结束后进行清洁和打扫。水产品销售如需现场宰杀，应在其摊位内设置专用宰杀区。涉及水产品及生鲜肉类交易的区域和设施设备应每日冲洗打扫，不存污水，保持清洁，充分晾干。清洁用品应按照市场的分区布局做到专区专用，不得造成交叉污染。鲜肉、水产、熟食、豆制品所用的操作台、砧板以及各类切割工具及盛装容器应按照食品卫生要求进行清洁消毒，消毒时宜采用物理消毒方法。
农贸市场还特别提出了疫情期间的防疫要求。例如，呼吸道、肠道传染病疫情期间，市场出入口要有专人管理，在入口处应由专人负责落实测量体温、查验健康信息、提示佩戴口罩等疫情防控措施，发现异常应拒绝相关人员、车辆进入市场；设置洗消站，用于货运车辆的清洗消毒和货品外包装的消毒。应配备充足的防疫物资，市场内应至少设置1处用于涉疫人员临时等候和休息的隔离观察室。
在货品防疫管理方面，对涉及呼吸道、肠道传染病疫情发生地的货品，在运输、搬运、存贮、销售等环节应按照疫情防控要求落实人员管控、核酸检测、环境及货品包装消毒等措施。
按照疫情防控要求，要定期对从业人员和经营环境开展核酸检测。
农贸市场要制定定期休市制度，对场地环境进行核酸检测和彻底的清洁、消毒；销售区、办公区的重点消毒部位应每日清洁、消毒。根据实际情况合理增加消毒频次，如人员接触较多的部位、排污下水道、卫生间、盛装器具等；公共卫生间应每日进行清洁消毒，洗手液用完后及时补充。
农贸市场在疫情期间进行环境核酸样品检测时，应按照呼吸道传染病疫情防控要求对环境核酸样品进行自查，并委托专业机构对样品进行检测。自查时应选取与人体接触频繁，尤其是呼吸道飞沫、排泄物、呕吐物等容易污染到的区域和其他可能受到病毒污染的物品或区域进行采样。
